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故事的主角是安东，他在2013年地球遭遇灾难之前出生，随后整个地球被核火焰摧毁（核火焰摧毁是原文，没有说明是否因为战争）。由于安东当时年幼，所以他对核灾难的发生原因和为什么只有在莫斯科地铁里的大约4万人幸存下来一无所知。人们在各个地铁站台和停车场建立了聚居点。转眼间20年过去了，大家在地铁中艰难地生活，一直盼望着能够重返地面。

二十年过去了，大家想尽办法改善生活。懂机械的人负责机械工作，懂电子的人则研究电子技术，甚至有人带回来了一窝小猪崽和小兔崽。虽然日子艰辛，但生活还是能继续下去。

随着时间的推移，人们感到孤独，于是想方设法为自己创造娱乐，甚至自创帮派。这样一来，红军、纳粹、黑市组织等相继出现，各自形成阵营，每个组织都有自己的信仰和规矩。

直到某一天，主角所在的聚居地遭到了从未见过的、拥有一定智力的突变生物的有组织攻击。小聚居地逐渐被摧毁，地铁各站台和停车场之间的贸易交流也受到了阻碍，人心惶惶，大家都觉得末日将至。

（游戏开始的部分是倒叙的结局开端，最后再详细描述。）

某天，安东所在的地铁站迎来了一位老朋友猎人（猎人是一种新兴的高危职业，负责贸易、勘探、保镖等工作，并偏向正义事业）。安东的继父阿历克斯是这个小站的负责人，于是通融了一下，让安东也去见见猎人。猎人表示他是被总部派来调查最近听闻的一些怪事，顺便递给安东一张从路上的商人手中买来的自由女神旧明信片（安东喜欢收集毁灭前的照片）。他们感叹着许多小站已经被怪物摧毁，形势非常危险。没说几句，怪物通过通风管道袭来，猎人分析可能是因为医院的血腥味引来了它们。安东成功消灭了怪物，猎人称赞道：“这孩子的枪法真不错啊”（其实是夸我）。话音刚落，就有人通报安东的继父……前哨岗全军覆没。

猎人认为事态严重，决定立即前往人类聚居地的更边缘区域查看情况（安东所在的地方是一个前哨聚居地，用来抵挡普通的突变生物）。临走时，他给了安东一枚猎人狗牌，并嘱咐他如果自己到早上还没回来，就拿这个去Polis站找他们的头头米勒，如实报告情况。Polis是一个由民主主义派占据的站点，似乎是最繁荣、人口最多的地方。

猎人没有回来，安东决定去Polis报信，但暂时无法出发（具体原因不太清楚，推测可能是继父不支持，或者因为没有向导不认识路）。

某天，邻近的一个站点Riga需要守卫，安东决定报名，以此寻找机会前往Polis。

安东的申请通过了，尤金通知他准备出发，并再三叮嘱他要带齐物品（看来安东这孩子经常丢三落四）。临走时，他见了继父，继父照例夸奖他有出息。随后，安东领取了基本装备：防毒面具及其过滤器、自制冲锋枪一把、子弹两梭子，若干个急救包，还有一把手枪，这是之前守卫医院时继父给他的，子弹的剩余量取决于当时他开了多少枪。

满怀欢喜地坐上手摇车，刚准备出发，就来了一位想搭顺风车的人。接安东的老头鲍里斯表示：可以，不过你得负责摇车。对方回答：没问题，我可以的。

路上十分热闹，旁边有成群结队做生意的，时不时还能看到修缮隧道壁和电力设备的人。直到……守门的人说：原来的那条路塌方了，你们得换一条。

一听到要换路，鲍里斯立刻感到不安。旁边两个人急忙问：怎么了怎么了？鲍里斯支支吾吾地说：没什么……很普通……就是时间久了……其实我上个月才走过……哎呀，反正我就是不喜欢……（听这话就知道有问题，但主角单纯，剧情还得继续发展下去）。

继续前行，看到几个黑影（暗黑生物的精神攻击开始了），然后闪过几个突变生物。三个人开始大声叫喊（这一点要夸一下主角，他一直没出声）。摇车的人说：想要快点，就来帮忙吧。于是尤金也来帮忙，让安东小心盯着前方。

安东盯着前方，隐约感觉后面几个人的对话越来越不对劲，回头一看，发现全都倒了，他试着摇了摇尤金，也没反应，接着眼前一黑，自己也失去了意识（这算是那种新型智慧生物首次对安东进行精神攻击。这种生物的名字大致可以翻译为暗黑某某，似乎是一种群体智慧生物。精神攻击通常表现为催眠、魅惑，后面还会有远程物理攻击，这里就不多说了）。

为了推动故事发展，安东先醒过来（这一集没有解释原因）醒来后把尤金叫醒，鲍里斯可能因为年纪大了，所以还没睡够。搭顺风车的那位也年轻，估计是反正早醒早好，还是算了吧。

一群突变生物从车后追来，尤金继续摇车，鲍里斯还在睡觉，另一个人在等死，只剩下主角能行动。在前面领枪时，有人对安东说过：这山寨枪的准确度可怜，过热时如同地狱般，所以大家一般叫它“混蛋枪”。尤金看不下去，腾出手用一把霰弹枪，轰得安东耳鸣（其实这时候我还以为是我自己耳鸣），然后递给安东让他用这把（也就是一山寨货，一次两发不说，远了跟打水枪似的，只见火花不见中弹。此时最好用的枪还是手枪，威力不小，可远程射击，装填快，一次6颗可扛3只，这可是安东他爹给的，虽说不是亲爹）。

接着安东掉下车了（安东有掉车的命运，这很常见，就像紫龙有脱衣的宿命一样），爬起来拼命朝前跑。幸运的是，这里离Riga的哨卡不远，终于和鲍里斯、尤金成功会合。鲍里斯击退突变生物后的第一句话就是：老子要喝一壶……

在酒馆里，俄罗斯人惯例是要喝伏特加，一次一盅，10秒喝三次。鲍里斯祝贺安东从突变生物中脱困，召集全酒馆的人来敬酒，还说要给安东颁勋章……后来一想勋章没用，就拿出他们的通货——制式子弹——给安东奖励（平时用的都是山寨弹，威力有限，制式子弹因威力大且稀少，能体现硬汉特色，所以成了通货）。钱一摆在桌上，一个妓女走过来，安东才20岁，那时的女人又少见，（我）目不转睛地盯着看，直到镜头转不动了其实都没看清楚她长什么样（环境太暗，来不及调亮显示器）。鲍里斯和尤金趁机取笑安东，然后放他自己去找乐子。

出了酒馆晃悠了一下，没找到妓女，却看到一个小男孩在招手（同样很可爱很诱人），于是赶紧走过去。小男孩说有个又壮又吓人的叔叔让他带话，让安东过去聊聊。左边是天使，右边是恶魔——点左键给小男孩一颗制式子弹，点右键什么都不给（这种选择真的不影响剧情）。

这位叔叔有个引人注目的名字——波旁，他想去Dry，但是Riga的入口被封住了，不确定何时会开放，也不清楚是否还会开放（之前安东、鲍里斯和尤金带来的突变生物军队导致的）。波旁声称自己知道一个秘密通道，正好安东有空，于是邀请安东一起探索地下世界。此外，事情办成后……咳……会送安东一把AK。安东有些犹豫，因为这位叔叔看起来不太像好人，但好奇心和贪婪战胜了他（主要是我对他的AK感到好奇和渴望），于是答应了。

波旁是个不错的叔叔，尽管似乎很多人都希望他不在了，但他教会了安东如何在地下世界旅行的基本知识。

1.  通道中传出的奇怪声音其实没有什么影响，只是用来营造气氛的。

2.  小的那种突变生物（在洞中穿梭）是用来埋伏落单行人的。

3.  不要触碰那些挂着的罐头盒子，那是别人设置的报警装置。

4.  要注意脚下的陷阱，因为它们常常能一击致命。

5.  还有就是……这个世界上依然有强盗存在。

6.  课间休息，今天的主题是——打击强盗。